Útgáfa Náttúrufræðingsins hófst árið 1931 og hefur verið samfelld í átta áratugi. Upphaflegt markmið með útgáfunni var að gefa út alþýðlegt rit um náttúrufræði sem þrátt fyrir margar útlitsbreytingar í gegnum tíðina, hefur haldist allar götur síðan.

Upphafsmenn ritsins voru dr. Árni Friðriksson fiskifræðingur og dr. Guðmundur G. Bárðason jarðfræðingur og sáu þeir um útgáfuna í sameiningu þar til Guðmundur andaðist árið 1933. Eftir það bar Árni hitann og þungann af útgáfunni með aðstoð ýmissa velunnara. Í fyrstu var hugmynd þeirra félaga með ritinu helst sú að taka saman á einn stað og halda til haga efni sem þeir sjálfir og aðrir birtu í dagblöðum um náttúrufræði á þeim tíma. Fljótlega jókst þó umfang frumsamins efnis í blaðinu og útgáfan varð stofnendunum mun erfiðari og dýrari en þeir sáu fyrir í upphafi. Fyrstu árin var útgáfa ritsins því oft á tíðum stopul. Örðugt reyndist að innheimta áskriftargjöld hjá fátækum almenningi og eftir að heimsstyrjöldin braust út var oft á tíðum vandkvæðum bundið að útvega nothæfan pappír í ritið. Að endingu árið 1940 ákvað Árni að selja hugarfóstur sitt Guðjóni Guðjónssyni yfirprentara í von um að það mætti blása lífi í útgáfuna. Þær vonir gengu ekki eftir og ári síðar skipti Náttúrufræðingurinn enn á ný um eigendur þegar Hið íslenska náttúrufræðifélag keypti ritið.

Á fyrstu árum útgáfunnar báru ritsjórarnir að miklu leyti hitann og þungann af skrifum í ritið. Mikið af efninu samanstóð af almennum fróðleik um náttúrufræði sem þýtt var og endursagt úr erlendum heimildum enda lítið um bækur eða annað útgefið efni um náttúrufræði tiltækt á íslensku á þeim tíma. Eftir því sem íslenskum náttúrufræðingum fjölgaði jókst fjöldi þeirra sem skrifuðu greinar í ritið og að sama skapi vó efni um rannsóknir á íslenskri náttúru þyngra.

Allt til dagsins í dag hefur þetta tvíþætta hlutverk Náttúrufræðingsins haldist og ritið verið öðrum þræði alþýðurit með almennum fróðleik og hinum vísindarit.